Βαθύτατα επηρεασμένοι από τις φιλελεύθερες ιδέες του Διαφωτισμού και της Γαλλικής Επανάστασης, τρεις μικρέμποροι, ο Εμμανουήλ Ξάνθος, ο Νικόλαος Σκουφάς και ο Αθανάσιος Τσακάλωφ, αποφάσισαν το 1814 να συγκροτήσουν μια μυστική οργάνωση με στόχο την απελευθέρωση των Ελλήνων. Ακολουθώντας το πρότυπο άλλων μυστικών εταιρειών της εποχής, οι τρεις Ελληνες δημιούργησαν έναν οργανισμό, τη Φιλική Εταιρεία, ο οποίος έμελλε να αποτελέσει το οργανωτικό κέντρο της Ελληνικής Επανάστασης.
Τα πρώτα χρόνια (1814-1817) η δράση των στελεχών της Φιλικής Εταιρείας περιορίστηκε στη διάδοση του μηνύματος της Επανάστασης στους Ελληνες της Διασποράς, στις πόλεις της Μαύρης Θάλασσας και της Ρωσίας. Καθώς όμως η κατήχηση νέων μελών δεν προχωρούσε με τους ρυθμούς που η ηγεσία της Εταιρείας επιθυμούσε, αποφασίστηκε να μεταφερθεί το επιχειρησιακό της κέντρο από την Οδησσό σε μια τοποθεσία πλησιέστερη προς την κεντρική εστία της μελλοντικής επανάστασης. Η ηγετική ομάδα της Εταιρείας προέκρινε τότε ως ιδανικότερη πόλη για έδρα της την Κωνσταντινούπολη.
Αμεση συνέπεια της μεταφοράς της έδρας της Φιλικής Εταιρείας ήταν η αύξηση του αριθμού των μελών της. Κατά τη διάρκεια του 1818, η ηγεσία της Εταιρείας εφάρμοσε το σύστημα των «Δώδεκα Αποστόλων», την οργάνωση δηλαδή περιοδειών από Φιλικούς σε όλες τις περιοχές όπου κατοικούσαν Ελληνες, έχοντας ως στόχο τη μύηση νέων μελών με κύρος στις τοπικές κοινωνίες. Παράλληλα, έγιναν προσπάθειες για την ανάθεση της αρχηγίας της Εταιρείας σε μια προσωπικότητα εγνωσμένης αξίας.
Σε συνάντησή τους που πραγματοποιήθηκε το φθινόπωρο του 1818, τα ηγετικά στελέχη της Εταιρείας αποφάσισαν να προσεγγίσουν τον υπουργό Εξωτερικών της Ρωσίας Ιωάννη Καποδίστρια, εκτιμώντας ότι πρόκειται περί «φιλοπάτριδος και σοφού πολιτικού». Το έργο της προσέγγισης του Κερκυραίου πολιτικού ανέλαβε ο Εμμανουήλ Ξάνθος, ο οποίος μετέβη αρχικά στο Πήλιο για να ζητήσει από τον φίλο του Καποδίστρια και σημαντικό στέλεχος της Εταιρείας, Ανθιμο Γαζή, τα συστατικά έγγραφα που θα του επέτρεπαν να τον επισκεφθεί στην Αγία Πετρούπολη. Εχοντας πραγματοποιήσει ένα πολύμηνο ταξίδι, ο Ξάνθος έφθασε στη ρωσική πρωτεύουσα τον Ιανουάριο του 1820.
Κατά τη διάρκεια των πρώτων μηνών του 1820, συναντήθηκε δύο φορές με τον Καποδίστρια, στον οποίο αποκάλυψε αναλυτικά το σύστημα της οργάνωσης και τη δράση της Φιλικής Εταιρείας. Παρά το γεγονός ότι σε αυτήν τη μυστική οργάνωση είχαν μυηθεί εκατοντάδες άνθρωποι, πολλοί εκ των οποίων διέθεταν κύρος στις τοπικές κοινωνίες και οικονομική επιφάνεια, ο Καποδίστριας αρνήθηκε να αναλάβει την ηγεσία της.
Η αρνητική απάντησή του δεν πτόησε τον Ξάνθο, ο οποίος, παραμένοντας στην πρωτεύουσα των τσάρων, προσέγγισε τον αξιωματικό του ρωσικού στρατού και γιο του πρώην ηγεμόνα της Βλαχίας Κωνσταντίνου Υψηλάντη, Αλέξανδρο. Στην πρώτη τους συνάντηση, ο Υψηλάντης επέδειξε ζωηρό ενδιαφέρον να ενημερωθεί για την κατάσταση στην οποία βρίσκονταν οι Ελληνες της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Απαντώντας ο Ξάνθος είπε «ότι πανταχού οι Τούρκοι τυραννούν τους δυστυχείς Ελληνας, και ότι κατήντησεν η τυραννία ανυπόφορος». Στη συνέχεια, εξέφρασε στον Φαναριώτη πρίγκιπα την άποψη ότι δεν υπήρχε κάποιος να ηγηθεί της προσπάθειας των Ελλήνων για ελευθερία «διότι όλοι οι καλοί ομογενείς καταφεύγουν εις ξένους τόπους και αφήνουν τους ομογενείς των ορφανούς».
Αντιδρώντας ο Υψηλάντης δήλωσε με θάρρος: «Αν εγώ εγνώριζον, ότι οι ομογενείς μου είχον ανάγκη από εμέ, και εστοχάζοντο, ότι εδυνάμην να συντελέσω εις την ευδαιμονίαν των, σοι λέγω εντίμως, ότι ήθελον μετά προθυμίας κάμω κάθε θυσίαν, ακόμη και την κατάστασίν μου, και τον εαυτόν μου υπέρ αυτών». Τα λόγια του Υψηλάντη συγκίνησαν τον Ξάνθο, ο οποίος συνειδητοποίησε αμέσως ότι ο Φαναριώτης πρίγκιπας μπορούσε να επιτελέσει τον ρόλο που οι Φιλικοί επιθυμούσαν, του αρχηγού της Εταιρείας.
Τις επόμενες ημέρες συναντήθηκε ξανά με τον Υψηλάντη, στον οποίο αποκάλυψε όλη τη δομή της Φιλικής Εταιρείας. Αντιλαμβανόμενος την κρισιμότητα της απόφασής του και την ευθύνη την οποία αναλάμβανε, ο Αλέξανδρος Υψηλάντης αποδέχθηκε την αρχηγία της Εταιρείας ως Γενικός Επίτροπος της Αρχής στις 12 Απριλίου 1820. Παρόντες στην αναγόρευσή του ήταν μόνον ο συγγενής του Ιωάννης Μάνος και ο Ξάνθος. Ο Υψηλάντης έλαβε το συνθηματικό όνομα «Καλός» και τα στοιχεία Α.Ρ. για την αλληλογραφία του. Η Φιλική Εταιρεία είχε μόλις εισέλθει στην τελευταία φάση της, αυτήν της οργάνωσης της επικείμενης επανάστασης των Ελλήνων.
