Τα δραματικά γεγονότα συνέβησαν αφότου ο Πορτογάλος βασιλιάς Εμανουήλ Α΄ διέταξε το 1497 την αναγκαστική μεταστροφή των Εβραίων της χώρας του. Είχε προηγηθεί (1492) η εκδίωξη των Εβραίων και των μουσουλμάνων από την Ισπανία, με πρωτοβουλία των καθολικών μοναρχών της. Υστερα από αυτήν, περισσότεροι από 90.000 Εβραίοι είχαν γίνει δεκτοί στην Πορτογαλία, καθώς εξέχοντα μέλη της εβραϊκής κοινότητας της Καστίλης είχαν διαπραγματευτεί με τον βασιλιά της Πορτογαλίας για την είσοδο των εξόριστων εκεί, με αντάλλαγμα την καταβολή υψηλών φόρων.
Τα πράγματα άλλαξαν για εκείνους όταν ο διάδοχος Μανουήλ Α’ παντρεύτηκε την πριγκίπισσα της Ισπανίας Ισαβέλλα. Μια ρήτρα στο γαμήλιο συμβόλαιο απαιτούσε την εκδίωξη των «αιρετικών» –Μαυριτανών και Εβραίων– από την πορτογαλική επικράτεια. Ο Πορτογάλος βασιλιάς, παρότι δεν ήθελε να χάσει τον εβραϊκό πλούτο, τελικά, την παραμονή του γάμου, υπέγραψε το διάταγμα που προέβλεπε την εκδίωξη των «αιρετικών», εντός προθεσμίας 10 μηνών. Ηλπιζε ότι πολλοί θα βαφτίζονταν, έστω και τυπικά, χριστιανοί. Ωστόσο, η πλειονότητα των Εβραίων, που μερικά χρόνια πριν είχαν εγκαταλείψει την Ισπανία ακριβώς για να μην αναγκαστούν να εγκαταλείψουν την πίστη τους, αποφάσισαν να εγκαταλείψουν τη χώρα. Αντιμέτωπος με το ενδεχόμενο να χάσει τα σημαντικά κεφάλαια που εξασφάλιζε η παραμονή τους στη χώρα, ο βασιλιάς εξέδωσε νέο διάταγμα, το οποίο απαγόρευε την αναχώρησή τους από την Πορτογαλία και τους υποχρέωνε να προσηλυτιστούν στον καθολικισμό. Τον Οκτώβριο του 1497, όσοι δεν το είχαν κάνει ακόμη, οδηγήθηκαν βάναυσα σε βάφτιση. Η συντριπτική πλειοψηφία, ωστόσο, συνέχισε να ασκεί τον ιουδαϊσμό στα κρυφά.
Η επιδημία πανούκλας και η πείνα είχαν ρημάξει τη Λισαβόνα, όπου πάνω από 130 άτομα πέθαιναν καθημερινά.
Τα γεγονότα του Απριλίου του 1506 εξελίχθηκαν γρήγορα και βίαια. Η επιδημία πανούκλας και η πείνα είχαν ρημάξει τη Λισαβόνα από τον Οκτώβριο του προηγούμενου έτους. Από τον Ιανουάριο δε η κατάσταση είχε επιδεινωθεί περαιτέρω, με περισσότερα από 130 άτομα να πεθαίνουν καθημερινά. Ο Μανουήλ και η αυλή του είχαν απομακρυνθεί από την πόλη, αφήνοντάς την ουσιαστικά ανεξέλεγκτη.
Οι πρώτες πράξεις βίας εκδηλώθηκαν στις 19 Απριλίου 1506. Στο μοναστήρι του Αγίου Δομίνικου, ενώ οι πιστοί προσεύχονταν για να τελειώσει η κακοτυχία τους, κάποιος ορκίστηκε ότι είδε μια λάμψη να φωτίζει τον βωμό – κάτι που σύντομα ερμηνεύτηκε ως ένδειξη θαύματος. Κάποιοι, ωστόσο, εξέφρασαν δυσπιστία. Ανάμεσά τους και ένας νεοχριστιανός, δηλαδή ένα άτομο το οποίο είχε πρόσφατα προσηλυτιστεί στον καθολικισμό από τον ιουδαϊσμό. Η αγανάκτηση των πιστών, υποκινούμενη από τους δομινικανούς μοναχούς, αμέσως φούντωσε εναντίον του. Ο πρώην Εβραίος φιμώθηκε και ξυλοκοπήθηκε μέχρι θανάτου από το οργισμένο πλήθος, το οποίο στη συνέχεια έκαψε ό,τι είχε απομείνει από το σώμα του.
Η βία εξαπλώθηκε γρήγορα σε όλη την πόλη.
Το συγκεκριμένο γεγονός ακολούθησαν τρεις μέρες σφαγών, καθώς η βία εξαπλώθηκε γρήγορα σε όλη την πόλη. Κατά ομάδες, το πλήθος αναζητούσε τους προσηλυτισμένους, τους οποίους έσφαξε χωρίς καμία απολύτως διάκριση, ενώ λεηλάτησε και τα σπίτια τους.
Τα στρατεύματα και οι αξιωματούχοι του βασιλιά που έφτασαν στη Λισαβόνα για να αποκαταστήσουν την τάξη, είχαν ειδικές εξουσίες για την τιμωρία όσων εμπλέκονταν στη σφαγή. Η περιουσία των ενόχων κατασχέθηκε, ενώ πολλοί συνελήφθησαν και απαγχονίστηκαν, μεταξύ των οποίων και οι Δομινικανοί μοναχοί.
Η σφαγή της Λισαβόνας δεν ήταν το μοναδικό τέτοιου είδους περιστατικό. Τριάντα χρόνια αργότερα, θα ιδρυόταν η Ιερά Εξέταση και θα λειτουργούσε το Δικαστήριό της στην πορτογαλική επικράτεια, γεγονός που ανάγκασε χιλιάδες προσήλυτους να εγκαταλείψουν τη χώρα. Κάποιοι κατέφυγαν στη βόρεια Ευρώπη, όπου ίδρυσαν κοινότητες Σεφαρδιτών στο Αμστερνταμ, το Αμβούργο και την Αμβέρσα. Αλλοι εγκαταστάθηκαν σε εδάφη της οθωμανικής αυτοκρατορίας, ακόμα και στους Αγίους Τόπους.
Επιμέλεια στήλης: Μυρτώ Κατσίγερα, Βασίλης Μηνακάκης, Αντιγόνη-Δέσποινα Ποιμενίδου, Αθανάσιος Συροπλάκης

