Ως διαμετακομιστικό κέντρο το λιμάνι της Θεσσαλονίκης πάει καλά. Ως επιβατικός σταθμός υποβαθμίζεται επικίνδυνα. Σύμφωνα με τα στοιχεία της Στατιστικής Υπηρεσίας του ΟΛΘ για το πρώτο εξάμηνο του έτους, η διακίνηση εμπορευμάτων αυξήθηκε την περίοδο αυτή κατά 5,7%. Αντίθετα, μειώθηκε κατά 11,23% ο αριθμός πλοίων που «έπιασαν» λιμάνι στη Θεσσαλονίκη, ενώ πάνω από 19% μειώθηκε η επιβατική κίνηση.
Η μείωση της επιβατικής κίνησης οφείλεται κυρίως στην κατάργηση των δρομολογίων που έκαναν ιπτάμενα δελφίνια προς τα νησιά των Σποράδων, ενώ κάμψη σημείωσε και η διακίνηση προς τα νησιά του Βόρειου Αιγαίου. Σήμερα η σύνδεση της Θεσσαλονίκης με τις Σποράδες γίνεται μόνον με ένα πλοίο την εβδομάδα και μόνο κατά τη θερινή περίοδο. Μάλιστα για την περίοδο 2003-2004 κανείς ενδιαφερόμενος δεν κατέθεσε δήλωση εκτέλεσης των δρομολογίων μέχρι τη Σκιάθο και τη Σκόπελο. Για το λόγο αυτό αποφασίσθηκε η προκήρυξη μειοδοτικού διαγωνισμού για τη σύναψη σύμβασης ανάθεσης δημόσιας υπηρεσίας διάρκειας ενός έτους στη γραμμή Θεσσαλονίκη-Αλόννησο-Σκόπελο-Σκιάθο-Αγ. Κωνσταντίνο, με μίσθωμα 12.800 ευρώ ανά δρομολόγιο.
