Το νομοσχέδιο για τα «μη κρατικά» ΑΕΙ προκάλεσε μια δημόσια συζήτηση με θεωρητικό υπόβαθρο τη σχέση εθνικής, ενωσιακής και διεθνούς έννομης τάξης και κυρίως τη σύγκρουση ως προς την προτεραιότητα εφαρμογής μεταξύ αφενός μεν του εθνικού Συντάγματος, αφετέρου δε του Δικαίου της Ε.Ε. Συγκρούονται δύο προσεγγίσεις.