Σε εγκληματική ενέργεια απέδωσε τον θάνατο του πατέρα του, Σήφη Βαλυράκη, ο γιος του Γιάννης, κατά τη διάρκεια της δίκης που διεξάγεται ενώπιον του Μικτού Ορκωτού Δικαστηρίου με κατηγορουμένους δύο ψαράδες. Οπως τόνισε, γνωρίζοντας τον χαρακτήρα και τις ικανότητες του πατέρα του στη θάλασσα και λαμβάνοντας υπόψη τα τραύματα που είδε, καθώς και τα στοιχεία της δικογραφίας, έχει πειστεί πως πρόκειται για εγκληματική ενέργεια. «Δεν τίθεται θέμα ατυχήματος», είπε χαρακτηριστικά.
Ο μάρτυρας περιέγραψε τον πατέρα του ως άνθρωπο πράο και ευγενικό, αγαπητό σε όλους. Αναφερόμενος στην ημέρα της εξαφάνισής του στην Ερέτρια, σημείωσε ότι κατά τη διάρκεια των ερευνών φυσούσε νότιος άνεμος, ωστόσο οι έρευνες κινήθηκαν προς την αντίθετη κατεύθυνση, γεγονός που του προκάλεσε εύλογες απορίες. Ο Γιάννης Βαλυράκης άφησε σαφείς αιχμές για ελλιπή χειρισμό των Αρχών τόσο κατά τη διάρκεια της αναζήτησης όσο και μετά τον εντοπισμό της σορού.
«Οταν βρέθηκε η σορός βρισκόμασταν σε ψυχολογική ένταση. Είδα τον πατέρα μου κάτω με τη στολή του και τον είχε καλύψει ο θείος μου με το μπουφάν του. Αναρωτήθηκα γιατί είχε τόσο κόσμο κι αν τηρήθηκε το πρωτόκολλο».
Σύμφωνα με τον μάρτυρα, ο πατέρας του υπήρξε θύμα επίθεσης, γεγονός που αποδεικνύεται, κατά τον ίδιο, από τα τραύματα που έφερε πάνω του.
«Το πρώτο πράγμα που είδα ήταν το τραύμα στο χέρι του, στον αντίχειρα και στον δείκτη… Είδα τον πατέρα μου χτυπημένο στο πρόσωπο σε πάρα πολλά σημεία. Με τραύματα… Ημουν σε σοκ. Είναι μια εικόνα που 4,5 χρόνια μετά δεν ξεχνιέται. Κατάλαβα ότι κάποιος είχε επιτεθεί στον πατέρα μου. Το 95% των τραυμάτων ήταν στο κεφάλι. Ο αντίχειρας ήταν κομμένος. Ο πατέρας μου κάτι έπιασε και κόπηκε. Ημουν σε σοκ».
Κατά την εξέτασή του επισήμανε ότι στη θάλασσα υπάρχουν συχνά εντάσεις μεταξύ ψαροντουφεκάδων και επαγγελματιών ψαράδων, ενώ υποστήριξε πως από δημοσιεύματα η οικογένεια πληροφορήθηκε ότι οι δύο κατηγορούμενοι ψαράδες είχαν εριστική συμπεριφορά και σχέσεις με τον χώρο της Χρυσής Αυγής. Νωρίτερα στο δικαστήριο είχε καταθέσει και η χήρα του ιστορικού στελέχους του ΠΑΣΟΚ, Μίνα Παπαθεοδώρου, η οποία επανέλαβε τις καταγγελίες της περί ολιγωρίας των Αρχών και απόπειρας συγκάλυψης της υπόθεσης. Υποστήριξε ότι ο σύζυγός της είχε εχθρούς λόγω της πολιτικής δράσης του, κάνοντας αναφορά τόσο στα ελληνοτουρκικά όσο και στην υπόθεση Siemens, την οποία, όπως υπογράμμισε, είχε ερευνήσει σε βάθος, ενώ χαρακτήρισε τους κατηγορουμένους «φόβητρο του Ευβοϊκού».
